MA Raden Fatah Prambanan sebagai Lembaga Pendidikan Islam Modern berbasis Pesantren memiliki visi dan misi untuk mencetak generasi yang maju, Islami, kreatif, serta unggul dalam IMTAQ dan IPTEK. Pewujudkan visi misi madrasah melibatkan semua warga madrasah baik guru- guru maupun karyawan. Disamping itu, program- program di Madrasah Aliyah Raden Fatah Prambanan juga mendapat dukungan dari berbagai pihak, baik itu lembaga naungan maupun masyarakat. Madrasah Aliyah Raden Fatah Prambanan juga melalukan kerja sama dengan beberapa Lembaga Pendidikan di jenjang Perguruan Tinggi guna memfasilitasi lulusan/ alumni untuk mendapatkan akses pendidikan yang lebih tinggi.